Además de su actividad mayorista, CEAGESP también destaca en el comercio minorista de productos hortofrutícolas, de granja, flores, aves y otros productos, por medio de mercados de venta al por menor conocidos como Varejão. El primer Varejão inició sus actividades dentro del Mercado Terminal de São Paulo (ETSP) en septiembre de 1979. Actualmente, estos mercados del ETSP (Varejões) se realizan tres veces por semana: todos los miércoles, sábados y domingos. Semejantes a los mercados abiertos, pero con la garantía de la calidad y del control de precios, el Varejão de CEAGESP mueve casi 2 mil toneladas de productos por mes. En el interior del estado, este tipo de mercado también se realiza en la unidad de Sorocaba.
El Mercado Terminal de la capital también alberga al mayor mercado de flores y plantas de Brasil. En un área de aproximadamente 20 mil m², la Feira de Flores de CEAGESP reúne a cerca de 1.100 productores que venden, al por mayor y al por menor, una gran diversidad de flores de maceta y de corte, plantas, especies de árboles, arbustos y una variedad de accesorios para la decoración y jardinería. La Feira de Flores se celebra todos los martes y viernes en el pabellón MLP, de 5h a 10h30. En el interior, las Ferias de Flores se realizan en los almacenes de Araçatuba, Bauru, Presidente Prudente, Ribeirão Preto, São José dos Campos, São José do Rio Preto y Sorocaba.
Además de la comercialización de productos hortícolas, el Mercado Terminal de CEAGESP en la capital paulista es también un punto de referencia en la venta de pescado. Integrando a cerca de 70 empresas de pesca y comercialización de pescado, constituye un importante centro mayorista de pescado. En 2008, fueron inauguradas la Inspección Primaria de Pescado y la Fábrica de Hielo en el Mercado Terminal de la Capital.
